[Issue] COVID-19 (SARS-CoV-2 감염증) - 코로나19(COVID-19) 연구정보포털 소개

1. COVID-19 연구정보포털

 코로나19 (COVID-19)에 관한 포괄적이면서도 전문적인 내용을 담고 있는 사이트 [1]가 있어 소개하고자 한다.

 

 1) 링크 주소

 : http://kobic.re.kr/covid19

타이틀

 해당 사이트는 한국생명공학연구원 국가생명연구자원정보센터에서 만든 사이트인데, 전 세계에 산재된 COVID-19 관련 연구 데이터 및 뉴스를 한 곳에서 볼 수 있게 정리해두었다. 이전까지 발생 현황 [2], 진단법 [3, 4], 치료제 및 백신 [5, 6, 7, 8, 9, 10]에 대해서 주목할만하다 싶은 내용만을 추려서 게시글을 차례로 올렸는데 이 사이트 역시 이에 대한 국내외 연구결과와 더불어서 유전체 및 단백질 서열 데이터, 유전체 분석을 통한 변이 및 역학 정보 등을 확인할 수 있어 앞으로환자 발생 뿐만 아니라 관련 연구 동향을 모니터링하기 좋을 것으로 예상된다.

 

 2) 사이트 소개

 (1) 메인 화면

 사이트 메인 화면에는 주요 키워드의 하부 링크로 갈 수 있는 메뉴와 함께 환자의 동향, 유전체 및 단백질 서열 관련 데이터의 발생 정도를 확인할 수 있다 (그림 1). (역시 어떤 정보를 가장 중요시하는 기관인지 알 수 있는 화면 구성이었다.)

그림 1. 코로나19 연구정보포털 메인화면 (ref: http://kobic.re.kr/covid19/)

 

 (2) 동향

 여러 언론사로부터 생산된 관련 기사들을 모아둔 곳인데 치료, 백신, 진단으로 분류해둔 것이 인상적이었다 (그림 2). 어떤 회사가 COVID-19 진단, 치료제, 백신 등의 연구에서 성과를 냈더라하는 식의 기사가 하루에도 수없이 쏟아지는데 이를 한 눈에 확인하기 용이하다. 주식 투자 등의 이유로 주요 성과들을 모니터링하는 경우 관심 종목을 설정하는데 도움이 될 것으로 예상된다.

그림 2. COVID-19 연구정보포털 동향 항목 (ref: http://kobic.re.kr/covid19/go_trend_view)

 (3) 데이터

  SARS-CoV-2 유전체와 단백질 서열을 모아두었고, 나라 별 업로드 수 확인이 가능한 것이 특징이다 (그림 3).

그림 3. COVID-19 연구정보포털 데이터 항목(ref: http://kobic.re.kr/covid19/go_data_view)

 

 (4) 유전변이

 SARS-CoV-2의 reference genome에서 현재까지 보고된 mutation의 위치를 map 상에서 확인가능하고, 각 유전자별 mutation의 수 (frequency), 뿐만 아니라 해당 변이가 어떤 종류인지 mutation annotation까지 분류되어 있다 (그림 4). 

 

그림 4. COVID-19 연구정보포털 유전변이 항목 (ref: http://kobic.re.kr/covid19/go_variation_view)

 

(5) 계통발생

 SARS-CoV-2의 sub strain별로 유전역학 패턴을 확인할 수 있다.  계통학적 분석과 그를 기반으로 한 나라 별 확산의 경로도 애니메이션화해서 파악할수 있다는 것이 특징이다 (그림 5). 

그림 5. SARS-CoV-2 strain들의 계통학적 분석 (ref: http://kobic.re.kr/covid19/go_genetic_dynamics_view)

(6) 연구논문

 SARS-CoV-2 및 COVID-19 관련된 논문들을 수집해서 리스트화한 페이지다 (그림 6).

그림 6. COVID-19 연구정보포털 연구논문 항목 (ref: http://kobic.re.kr/covid19/go_paper_view)

 

(7) 분석도구

  SARS-CoV-2를 포함한 다양한 바이러스들의 분석에 사용될 수 있는 데이터베이스, 계통 분석용 프로그램, 기능 예측 도구 등이 소개되어 있다 (그림 7).

 

그림 7. COVID-19 연구정보포털 분석도구 항목 (ref: http://kobic.re.kr/covid19/go_tools_view)

 

(8) 서열검색

 SARS-CoV-2에 대한 염기서열 및 단백질 서열을 검색할 수 있는 페이지이다. 각각 blastn, blastp을 통해 reference genome에 대해 확인해보고자 하는 서열이 유사성을 가지는지를 확인할 수 있기에 특정 motif 확인 등을 할 때 사용할 수 있을 것이다 (그림 8).

그림 8. COVID-19 연구정보포털 서열검색 항목 (ref: http://kobic.re.kr/covid19/go_blast_analysis)

아쉬운점

- 영문 버전의 사이트가 있었다면 COVID-19 관련 research에 대한 standard portal로 자리매김할 수 있었지 않을까하는 아쉬움

 

References

[1] http://kobic.re.kr/covid19/

[2] https://komok.tistory.com/5

[3] https://komok.tistory.com/7

[4] https://komok.tistory.com/12

[5] https://komok.tistory.com/9

[6] https://komok.tistory.com/10

[7] https://komok.tistory.com/13

[8] https://komok.tistory.com/11

[9] https://komok.tistory.com/15

[10] https://komok.tistory.com/14

 

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